Giữa lúc cuộc kháng chiến đầy gian khổ hy sinh của nhân dân ta trên cả hai miền Nam Bắc chiến đấu giành độc lập, tự do, thống nhất tổ quốc, năm 1962 Nhà nước giao cho Bộ Văn hóa ngôi nhà số 66 phố Nguyễn Thái Học, quận Ba Đình, Thủ đô Hà Nội do người Pháp xây dựng từ những năm 30 để sửa sang thành bảo tàng. Đây là một ký túc xá, một tổ chức kinh doanh của giáo hội Gia tô mang tên "Gia đình Gian Đa" dành cho con gái các quan chức thực dân Pháp ở khắp Đông Dương về Hà Nội trọ học. Phải mất gần 4 năm vừa sưu tầm tư liệu, hiện vật, chuẩn bị cho nội dung vừa cải tạo từ một công trình khiến trúc mang phong cách kiểu Âu Tây để có hình thức Việt Nam và phù hợp với yêu cầu trưng bày tác phẩm mỹ thuật, ngày 26 - 06 - 1966, Bảo tàng Mỹ thuật Việt Nam mời chính thức khánh thành.

Trải qua 35 năm họat động, hệ thống trưng bày của bảo tàng đã nhiều lần chỉnh lý, sắp xếp lại cho khoa học. Nội dung thể hiện ở 5 chuyên đề:

Mỹ thuật thời Tiền Sử - Sơ Sử

Mỹ thuật thế kỷ XI đến thế kỷ XIX (qua các thời Lý - Trần - Lê Sơ - Mạc - Lê Trung Hưng - Tây Sơn - Nguyễn)

Tranh tượng thế kỷ XX

Mỹ thuật dân gian

Nghệ thuật Gốm Việt Nam thế kỷ XI đến thế kỷ XX.